Producenci szkockiej whisky nie robią tajemnicy ze składu swych wyrobów. Wiedzą po prostu, że nie ma żadnych szans na syntetyczną podróbkę oryginalnej „szkockiej”. Chemikom udało się jedynie zidentyfikować kilkaset obecnych w whisky związków. „Szkocka” wzbogaca się w ingrediencje na każdym etapie produkcji. Zawiera nawet fenole pochodzące z dymu torfowego, którym suszy się zacier. Mimo że współcześnie zacier suszy się stosując głównie ogrzewanie gazowe, zawsze dodawana jest odrobina dymu torfowego. Na wyspie Islay do dziś wytwarza się whisky, susząc zacier nad płomieniem torfu. Podczas wypłukiwania cukrów z jęczmiennego słodu uzyskuje się również inne ingrediencje, a fermentacja z pomocą drożdży przyczynia się do powstania szeregu lotnych substancji. Wiele z nich jest alkoholami innymi niż etanol, by wspomnieć metanol, propanol, butanol (występują w bardzo niewielkich ilościach). Żaden z tych alkoholi nie dodaje walorów smakowych, natomiast ulegają one łatwemu przekształceniu do aldehydów, które dają pewien smak, a następnie do kwasów karboksylowych, wywierających jeszcze silniejszy wpływ na smak whisky. Najwięcej walorów zapachowych i smakowych wnoszą estry, w czystej postaci mające bardzo owocowy charakter. Powstają one podczas reakcji kwasów karboksylowych z alkoholami. (W niektórych przypadkach jedna substancja wystarczy, by zapewnić najważniejsze cechy smakowe. Tak jest w przypadku kwasu 2-etylo-3-metylobutanowego, nadającego charakterystyczny smak rumowi. Jednak większość alkoholi zawdzięcza swoje walory smakowe wielu związkom chemicznym).

Ostatni etap produkcji whisky polega na dojrzewaniu przez co najmniej trzy lata. Dla niektórych gatunków proces ten trwa nawet 12 lat. Jest dosyć kosztowny, gdyż każdego roku przez ściany beczki wyparowuje 2% dojrzewającej whisky. Dojrzewanie polega m.in. na wypłukiwaniu substancji chemicznych z drewna beczki. Substancje pozyskane z drewna to głównie aldehydy i kwasy będące pochodnymi związków benzenu, jak na przykład aldehyd waniliowy. Są wśród nich również cukry, steroidy, garbniki, a nawet sole mineralne. Wszystkie te substancje występują w minimalnych stężeniach. Każda z nich przyczynia się jednak do powstania złożonego smaku whisky, którego nie sposób podrobić syntetycznie.

Doktor John Piggott, wykładowca na Wydziale Nauk Biologicznych i Biotechnologii Uniwersytetu Strathclyde w Szkocji, twierdzi, że pochodzenie smaku whisky jest ciągle tajemnicą: Nawet jeśli zmiesza się wszystkie rozpoznane składniki whisky, nie uzyska się jej smaku. Ta tajemnica ciągle nas fascynuje. Większość szkockich whisky jest mieszaniną alkoholi pochodzących z różnych destylarni. Nawet drogie, „jednosłodowe” whisky są mieszaniną. Tyle tylko, że w tym przypadku miesza się whisky pochodzące z różnych beczek tej samej destylarni. Istnieje kilka gatunków whisky jednobeczkowej, produkuje się je wyłącznie dla wytrawnych znawców.